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研究发现全球的SARS-CoV-2由六个主要的亚型组成

作者:佚名 来源:生物谷 日期:2020-04-16
导读

         世界卫生组织在2020年3月宣布了COVID-19的全球大流行,是21世纪的第二次大流行。严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2)是冠状病毒科的一种RNA beta冠状病毒。病毒种群的扩大,如SARS-CoV-2,积累了许多共享的多态性,使传统的聚类方法产生了混淆。在这种情况下,降低SARS-CoV-2种群占用的序列空间复杂性的方法对于准确的集群分群是必要的。

关键字:  SARS-CoV-2 | 亚型 

        世界卫生组织在2020年3月宣布了COVID-19的全球大流行,是21世纪的第二次大流行。严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2)是冠状病毒科的一种RNA beta冠状病毒。病毒种群的扩大,如SARS-CoV-2,积累了许多共享的多态性,使传统的聚类方法产生了混淆。在这种情况下,降低SARS-CoV-2种群占用的序列空间复杂性的方法对于准确的集群分群是必要的。

        近日来自巴西乌贝兰迪亚联邦大学、维索萨联邦大学和巴西利亚大学的研究人员通过关注广泛共享的非结构顺反子(nsp3、nsp4、nsp6、nsp12、nsp13和nsp14)、结构基因(刺突蛋白和核衣壳)和附属基因(ORF8)的多态性,提出了将全球SARS-CoV-2群体细分为16个定义明确的亚型,相关研究成果于近日发布在预印本平台bioRxiv上,文章题目为"The global population of SARS-CoV-2 is composed of six major subtypes"。

        研究人员发现,在患者人群中占主导地位的是六种病毒亚型,但所有16种亚型的病毒都表现出可能具有表型意义的氨基酸替代情况。研究人员推测在这项研究中检测到的病毒亚型是SARS-CoV-2多样化早期阶段的记录,这些病毒被随机取样以组成世界各地的病毒种群,这是典型的创始人效应。

        研究人员表示,SARS-CoV-2感染者确定的病毒的遗传结构为最大限度地提高候选疫苗或药物试验的有效性提供了实质性的指导。

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